Las actividades antárticas de la Argentina datan de principios de siglo, cuando el alférez de Navío José María Sobral integró –en calidad de meteorólogo, magnetólogo y geodesta- la expedición sueca del doctor Otto Nordensjköld en 1901.
Al año siguiente comenzó la instalación de un observatorio meteorólogico-magnético y un faro en la isla Año Nuevo, tarea encomendada a la Marina Argentina y muestra de adhesión de nuestro gobierno a las inquietudes del Congreso Internacional de Geografía de 1899. En el año 1903 al mando del Teniente de Navío Julián Irizar, la corbeta "Uruguay" rescató la expedición de Nordensjköld en nuestra primera demostración de capacidad operativa antártica, que se prolongaría luego en otro crucero de la "Uruguay" en busca de la expedición francesa de Charcot. En 1904, la Argentina tomó a su cargo el funcionamiento del observatorio de las islas Orcadas del Sur y tuvo el honor de establecer el primer correo antártico del mundo, con la inauguración, el 20 de febrero, de la primera estafeta posta de la zona.

Luego de varias expediciones y trabajos realizados en la región, en 1940 se creó la Comisión Nacional del Antártico. Esta Comisión preparó un informe en el que recomendaba el envío de expediciones polares destinadas a realizar exploraciones y levantamientos hidrográficos y también a elegir los lugares más adecuados para la instalación de observatorios meteorológicos y geofísicos. Así se realizaron trabajos hidrográficos en la isla Decepción y el archipiélago Melchior y se instaló el faro 1ro. de Mayo en la por entonces llamada isla Lambda. Posteriormente se instalaron nuevos laboratorios permanentes, y el 21 de marzo de 1951 fue inaugurada en Bahía Margarita la base San Martín, primer asentamiento al sur del Circulo Polar Antártico.

En vista de las numerosas organizaciones que participaban anualmente en las campañas antárticas, el gobierno argentino decidió establecer una entidad central responsable del trabajo científico hecho en la Antártida, y que además fuera depositaria de la información reunida por expediciones anteriores y se ocupara de las actividades futuras. Así, el 17 de abril de 1951 fue creado el Instituto Antártico Argentino por decreto Nº 7338/51, con el propósito de "continuar asegurando en forma irrenunciable para la Nación Argentina los derechos históricos, geográficos y territoriales que la asisten sobre el sector de la zona antártica que le pertenece".

Desde su inicio, el IAA ha ido creciendo hasta ocupar una posición destacada en los asuntos antárticos y a partir del verano de 1952/53 ha enviado regularmente investigadores y técnicos a la Antártida para realizar estudios y observaciones sobre paleontología, geología , glaciología, biología y otras disciplinas. También ha realizado tareas fundamentales, entre las que merecen citarse: el traslado de los elementos que componían el laboratorio para la investigación de física de la alta atmósfera desde la Estación Científica Ellsworth a la Base General Belgrano (1962/63); la construcción y habilitación de una torre de observación de auroras en la Base Belgrano; la construcción y habilitación de la Estación Científica Alte. Brown en el antiguo destacamento naval –en la que se desarrollaron programas de investigación en biología, bioquímica, fisiología humana y animal, patología bacteriología, meteorología, auroras, radiación nuclear ambiental, glaciología, oceanografía y ecología-; la construcción e instalación del Laboratorio Belgrano (Base Belgrano 1969/70) –en el que se realizan observaciones regulares de fenómenos de la alta atmósfera y fenómenos meteorológicos y, desde 1969, se llevan a cabo observaciones visuales continuas y observaciones con cámara "todo cielo"-; y la inauguración del Laboratorio de Ciencias de la Atmósfera (Base San Martín, 1986), el laboratorio argentino - alemán DALMANN y el Efecto Invernadero LAJUB (Base Jubany, 1994) y el Laboratorio de Ozono LAMBI (Base Marambio, 1994). Para cumplir con su misión científica, el IAA cuenta con un plantel de investigadores dentro de los campos de las ciencias naturales y utiliza "la técnica polar" como instrumento. A través de los años ha realizado importantes actividades de investigación en Ciencias de la Tierra, Ciencias Biológicas, Ciencias de la Atmósfera, Ciencias del Mar, Medio Ambiente, Psicología Antártica y Museo.