Las proteínas son moléculas complejas, formadas por aminoácidos, en número mayor que los péptidos. (En algunos textos se afirma que si n<100 se trata de un péptido y si n>100 de una proteína).

Todas los aminoácidos que forman parte de las proteínas de cualquier especie pertenecen al grupo de los 20 alfa-aminoácidos codificables.

Clasificación funcional

Enzimas: se trata de biocatalizadores. Su estructura es compleja y tienen un alto grado de especialización. Son la piedra angular de cualquier proceso metabólico. Se conocen por millares. Como ejemplos podemos citar la alcoholdeshidrogenasa, la tripsina, o la RNA-polimerasa.

Proteínas de defensa: principalmente las inmunoglobulinas o anticuerpos.

Proteínas de transporte: se encargan de fijarse a nutrientes y otras sustancias para llevarlas hasta las células o bien atravesar las membranas celulares. Ej: hemoglobina, mioglobina, lipoproteínas.

Proteínas nutritivas: Ej. la caseína de la leche o la ovoalbúmina de la clara del huevo.

Proteínas estructurales: Ej. el colágeno (tendones y cartílagos), la queratina (pelo, uñas, plumas y epidermis.

Proteínas contráctiles: Ej. actina y miosina de los músculos.

Proteínas reguladoras: principalmente hormononas proteicas como la insulina y la hormona del crecimiento.

Según su estructura las podemos dividir en dos grupos básicos:

Proteínas globulares: adoptan formas esféricas o de ovillo. Suelen ser solubles en agua y móviles. Ej. las enzimas y las proteínas de transporte.

Proteínas fibrosas: suelen estar enrolladas longitudinalmente y son insolubles en agua. Ej. proteínas estructurales y musculares.